定期清洗以確保出水質量是純化水日常維護的重要步驟之一。有六個步驟：低流量輸入清洗液、循環清洗液、浸泡、大流量水泵循環、沖洗。清洗液的配置取決于水質。一般正規純化水設備的廠家會根據客戶的水質準備清洗液。清洗液的浸泡時間應嚴格按照設備操作手冊，時間不宜過長。沖水時盡量延長時間，達到最佳效果。具體操作步驟如下：

1.配制清洗液：將藥劑加入潔凈的水中，且配制用水必須是去除硬度、不含過度金屬和余氯的RO產品水或去離子水。保證溶液要徹底混和均勻，并且把溫度和PH調到所需要的值。

2.低流量輸入清洗液：首先用清洗水泵混合一遍清洗液，預熱清洗液時應以低流量。然后以盡可能低的清洗液壓力置換元件內的原水，其壓力僅需達到足以補充進水至濃水的壓力損失即可，即壓力必須低到不會產生明顯的滲透產水。低壓置換操作能夠最大限度的減低污垢再次沉淀到膜表面，視情況而定，排放部分濃水以防止清洗液稀釋。

3.循環：當原水被置換掉后，濃水管路中就應該出現清洗液，讓清洗液循環回清洗水箱并保證清洗液溫度恒定。

4.浸泡：停止清洗泵的運行，讓膜元件完全浸泡在清洗液中。有時元件浸泡1小時就足夠了，但對于頑固的污染物，需要延長浸泡時間，如浸泡10～15小時或浸泡過夜。為了維持浸泡過程的溫度，可采用很低的循環流量（約為表１所示流量的10%）。

5、高流量水泵循環：按表１所列的流量循環30～60分鐘。高流量能沖洗掉被清洗液洗下來的污染物。如果污染嚴重，請采用高于表１所規定的50%的流量將有助于清洗，在高流量條件下，將會出現過高壓降的問題，單元件最大允許的壓降為１bar(15psi)，對多元件壓力容器最大允許壓降為3.5bar(50psi)，以先超出為限。

6、沖洗：用清潔水（去除硬度、不含金屬離子如鐵和氯的RO產品水或去離子水）進行低壓沖洗，沖洗系統內的清洗液可以用預處理的合格產水，除非存在腐蝕問題。為了防止沉淀，最低沖洗溫度為20攝氏度。