中國地域遼闊，水資源豐富，不同地區的水質差異很大。如果原水是井水，有機物負荷不會很大；如果是地表水(湖泊、河水或水庫水)，可能含有高水平的有機質，有機質的組成和數量可能受季節變化的影響；市政供水(自來水)通常用氯處理。在去除氯之前，微生物的含量相對較低，通常會抑制其生長。

通常情況下，純化水設備系統的配置方式根據地區和水源的不同而不同。純化水設備系統應根據不同的原水水質條件進行分析計算，然后配置相應的組件，依次處理允許范圍內的各項指標。

這里要提到的是，原水水質要達到飲用水標準，才能作為制藥用水或純化水的初始用水。如果原水不符合飲用水標準，應先將原水處理至飲用水標準，再進一步處理成符合藥典要求的純凈水。純化水系統需要定期消毒和水質監測，以確保所有使用點的水符合藥典對純化水的要求。